包装条款不明确的风险。
在运输合同中，妥善包装是托运人的主要义务，有些情况下由承运人负责包装（如配送商品），承运人对托运货物的包装也应当检查包装并审查是否适于运输，对明显包装不当的可以拒绝收货。物流公司不论作为承运人还是托运人都应当对货物的包装明确约定由哪一方负责，在合同或货运单中按照包装法规或包装标准逐项货物列明包装方式和搬运、堆放的具体要求，切忌不写或者笼统写“普通包装”、“一般包装”、“习惯包装”等词语，否则发生争议时就可能因为条款不明确而承受损失。
包装条款履行不当的赔偿风险。
作为托运人，如果货物的包装与合同、运单约定不相符，对其他货物或运输工具造成损失的，物流公司要承担赔偿责任；而作为承运人如果没有检验包装是否适当或者不按约定的特殊包装方式搬运、堆放，造成货物损失的也要赔偿。
危险货物包装不明的风险。
有关行政法规、规章对危险物品的运输和包装都有特殊的规定，物流企业如果违反这些规定可能会遭受罚款、吊销证照等行政处罚；承运人如没有对危险物品包装进行检查并在包装物上粘贴危险标志造成运输货物或其他财产损失的要承担赔偿责任。
包装检验检疫不合格的风险。
在涉及到出口货物运输时要注意运输货物经过的国家对包装有特殊的要求，并且可能要求检验检疫。如果包装检验检疫不合格则会限制或禁止入境，物流企业可能因此承担赔偿责任。